Shinichi Kudo un estudiante de 17 años que es un apacionado del futbol y del detectivismo. Tanta es su afición que incluso es reconocido localmente por ayudar a la policia a resolver algunos casos, algo que no lo molesta en verdad, ya que esa es la perfecta oportunidad para fanfarronear con las jovenes de su escuela sobre sus incleibles habilidades.

Aunque el corazon de Shinichi ya tiene dueño, se trata de Ran Mouri una jovensita de su misma edad, muy fuerte y experta en artes marciales. Ella tambien esta enamorada de él, a pesar de que su pasion por el detectivismo la cansa un poco. Ran es hija de Kogoro Mouri un detective fracasado y mediocre que guarda mucho odio por shinichi, ya que por culpa del joven, él esta perdiendo toda su clientela. Un día Ran y Shinichi estan en el parque cuando ocurre un crimen, despues de que el joven detective descubre al asecino, decide seguir a dos personas que estaban en una actitud sospechosa.

Desdraciadamente shinichi es descubirto, y para mala suerte de chinichi, estos hombre son mal paligrosos de lo que el cree, luego de ser golpeado, los dos hombre (Gin y Vodka) en lugar de matarlo deciden usar una nueva droga con el joven descubierta por su organización. El resultado es que shinichi no muere, en lugar de eso su cuerpo se reduce al de un niño de 6 años, sin perder su inteligencia. Confundido, se dirige a casa de su vesino, el profesor Hirochi Agasa para ver si el tiene algun antidoto, pero el le dice que para hacer un antidoto va a necesitar una muestra de la formula, ahora esa es la mision de shinichi, pero ¿como? tiene el cuerpo de un niño de 6 años y si muchas mas personas se enteran de su situación, los seres que el quiere correran peligro de morir en manos d esta organización.

En medio de todo este plante es cuendo aparece Ran, que sigue preocupada por la desaparición de Shinichi, el joven, en un primer momento intenta ocultarse poniendose unos anteojos, pero despues le dice que su nombre es Conan Edogawa (Nombre que deriba del nombre de dos escritores de novelas de sus pensos y detectivismo, el primero Sir Arthur Conan Doyle, autor de el genial detective Sherlok Holmes, y el segundo Rampo Edogawa, un famoso escritor de novelas de misterio en Japon). El profesor le dice a Ran que Conan es pariente suyo y le pide si se puede quedar en su casa, ya que el jovensito se podria aburri en la suya. Ran acepta y conan ya tiene un plan para poder investigar más sobre la misteriosa organización, simplemente tiene que ayudar a resolver algunos casos al padre de Ran para que tenga más clientela y, con algo de suerte, alguien llegue con información de la banda